IMO, software bagus buat bikin sprite sheet khusunya yang pixel sih Graphics Gale. Yang free version itu udah cukup. Kecuali mau ada fitur bisa save & load AVI, GIF, ico, cur, sama ani.
Kalau masih kurang puas, coba GIMP atau enggak Photoshop. GIMP gratis, tapi Photoshop bayar. Tinggal sesuaikan kebutuhan.
Saya sarankan coba buat dari template dulu. Kalo udah bisa, baru dari scratch.